在海南省設立符合條件的分支機構適用15%的企業所得稅稅率，位于海南自由貿易港以外的總機構不適用15%的企業所得稅稅率。分支機構企業所得稅分配參見國家稅務總局公告2012年第57號印發的《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》。

《關于海南自由貿易港企業所得稅優惠政策的通知》（財稅〔2020〕31號）：

一、對注冊在海南自由貿易港并實質性運營的鼓勵類產業企業，減按15%的稅率征收企業所得稅。

本條所稱鼓勵類產業企業，是指以海南自由貿易港鼓勵類產業目錄中規定的產業項目為主營業務，且其主營業務收入占企業收入總額60%以上的企業。所稱實質性運營，是指企業的實際管理機構設在海南自由貿易港，并對企業生產經營、人員、賬務、財產等實施實質性全面管理和控制。對不符合實質性運營的企業，不得享受優惠。

海南自由貿易港鼓勵類產業目錄包括《產業結構調整指導目錄（2019年本）》、《鼓勵外商投資產業目錄（2019年版）》和海南自由貿易港新增鼓勵類產業目錄。上述目錄在本通知執行期限內修訂的，自修訂版實施之日起按新版本執行。

對總機構設在海南自由貿易港的符合條件的企業，僅就其設在海南自由貿易港的總機構和分支機構的所得，適用15%稅率；對總機構設在海南自由貿易港以外的企業，僅就其設在海南自由貿易港內的符合條件的分支機構的所得，適用15%稅率。具體征管辦法按照稅務總局有關規定執行。

《關于海南自由貿易港企業所得稅優惠政策有關問題的公告》（國家稅務總局海南省稅務局公告2020年第4號）：

 一、鼓勵類產業企業減按15%稅率征收企業所得稅問題

（一）注冊在海南自由貿易港（以下簡稱自貿港）并實質性運營的鼓勵類產業企業，減按15%的稅率征收企業所得稅。本款規定所稱企業包括設立在自貿港的非居民企業機構、場所。

（二）對總機構設在自貿港的企業，僅將該企業設在自貿港的總機構和分支機構（不含在自貿港以外設立的二級以下分支機構在自貿港設立的三級以下分支機構）納入判斷是否符合規定條件范圍，設在自貿港以外的分支機構不納入判斷范圍；對總機構設在自貿港以外的企業，僅就設在自貿港的分支機構（不含在自貿港以外設立的二級以下分支機構在自貿港設立的三級以下分支機構）判斷是否符合規定條件，設在自貿港以外的總機構和分支機構不納入判斷范圍。

《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》（國家稅務總局公告2012年第57號印發）：

第二條  居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業為跨地區經營匯總納稅企業（以下簡稱匯總納稅企業），除另有規定外，其企業所得稅征收管理適用本辦法。

第六條  匯總納稅企業按照《企業所得稅法》規定匯總計算的企業所得稅，包括預繳稅款和匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。具體的稅款繳庫或退庫程序按照財預〔2012〕40號文件第五條等相關規定執行。

第十五條  總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例；三級及以下分支機構，其營業收入、職工薪酬和資產總額統一計入二級分支機構；三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30。

計算公式如下：

某分支機構分攤比例=（該分支機構營業收入／各分支機構營業收入之和）×0.35+（該分支機構職工薪酬／各分支機構職工薪酬之和）×0.35+（該分支機構資產總額／各分支機構資產總額之和）×0.30

分支機構分攤比例按上述方法一經確定后，除出現本辦法第五條第（四）項和第十六條第二、三款情形外，當年不作調整。

第十八條 對于按照稅收法律、法規和其他規定，總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后按本辦法第六條規定的比例和按第十五條計算的分攤比例，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出匯總納稅企業的應納所得稅總額，最后按本辦法第六條規定的比例和按第十五條計算的分攤比例，向總機構和分支機構分攤就地繳納的企業所得稅款。

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